一、校史

殖民地时期

哈佛大学最初在1636年由麻省殖民地立法机关立案成立，成为全美第一所高等教育机构，当时称之为“新学院”或“新市民学院”。后来在1639年3月13日改名为“哈佛学院”，这是为了感谢及纪念时为英国剑桥大学校友及牧师的约翰·哈佛，对有关学院的慷慨捐助（这同时也是麻省剑桥市的命名由来），这些捐赠品包括了四百多本书籍及779英镑，这些差不多是他一半的家产。1650年哈佛学院成立了其法人机构，在早期也培养了很多相关人才。哈佛学院当时主要模仿英国大学的模式办学，很多学院里面的领导人均远赴剑桥大学学习，但当地清教徒的哲学思想却获得了保留。虽说哈佛学院没有和任何宗教组织联系，但不少早期的毕业生均赴新英格兰当神职人员，以至于当时所有的宣传小册子均将哈佛学院的成立，描述为“对继续教育学习的需求，及对教会将充满文盲职员的担忧的回应”。学院的领导者一直都是神职人员，直到1708年第一个非清教成员的校长上任，哈佛才从清教思想的管制中独立出来。

19世纪

1805年，哈佛由一位论派者接手管治，这也使美国的教育机构开始世俗化，而哈佛在1850年代开始被指是“一位论派的梵蒂冈”。他们与联邦党结盟，并开办了很多机构，以扩大其政治及文化势力。与此同时，一些神学的保守派人士则利用大众传媒，抨击对方企图凝造寡头政治文化及破坏共和国的政治原则。

1846年瑞士科学家路易斯到访哈佛及纽约市，受到当地学生们的赞赏。他提倡“智能存在”，并认为物体的架构及转变均建基于其原型，这与哈佛当时的两名参与课程编制的老师—托马斯·里德及杜格尔德·斯图尔特的看法一致，故使其思想得以扩大并得到更多当地人的支持。

查尔斯·艾略特在任校长期间，将课程中固有的基督教文化成分删去，让学生能自愿及选择性地去学习相关的宗教文化。他也将哈佛各个书院以及学术机构综合成了一所研究型大学，改革措施包括小班授课以及入学考试，这些模式也影响了美国国家的高等和基础教育政策。

20世纪

20世纪的哈佛的地位及声誉，随着获得的捐助金及教授的人数上升而迅速提升，申请入学的学生人数也因课程数目的增大及校园的扩建而上升，其在1900年成为了美国大学协会其中一个原始成员。于1879年成立的拉德克利夫学院与哈佛结盟为姊妹学校，亦成为了美国当时最著名的女子学校；后来两者合并，拉德克利夫成为了哈佛大学的一部分。

1933年上任的校长詹姆斯·布莱恩特·科南特重新建立了创意奖学金制度，以鼓励及吸纳人才，确保学校在研究机构中的领导地位。他认为高等教育是给真正有才华的人而不是富家子弟。他进行了课程制度的调节，全力支持有才华的年轻人。他更在1943年要求教职员对“什么才是中等及高等教育的目的”提出明确的看法，1945年列出的报告是20世纪美国最影响力的教育宣言。

1945—1960年，哈佛改变了收生政策，开始接受来自不同背景的学生，而不只是一些来自贵族学校的子弟。学生的种类也开始多元化，校园里多了犹太人及天主教徒，惟黑人及亚洲人仍只占极少数。

女性在哈佛的地位也于20世纪末不断上升。初期，女性学生仍集中在拉德克利夫学院。虽然多了女学生情愿报读哈佛本身的课程，但哈佛的学生仍以男性居多，五个学生里平均只有一个为女性。可是，随着与拉德克利夫学院在1977年合并，哈佛的女学生人数每年不断上升。这也反映了美国高等教育的趋势。

1999年，拉德克利夫学院正式成为哈佛大学的拉德克利夫高等研究学院。时任院长的德鲁·吉尔平·福斯特也后在2007年正式成为哈佛创校300多年以来第一位女性校长，亦是继宾夕法尼亚大学、布朗大学与普林斯顿大学后，常春藤盟校的第四位女性校长。

二、校训

哈佛早期的校训是“真理”（Veritas，1643年）、“荣耀归于基督”（In Christ Gloriam，1650年），以及“为基督·为教会”（Christo et Ecclesiae，1692年）；印章展示三本翻开的书本，两本面向上，一本面向下，象征着理性（reason）与启示（revelation）之间的互动。一份最早期的文献——1642年的学院法例写道：“让每一位学生都认真考虑以认识神与耶稣基督为永生之源（约17:3），作为他人生与学习的主要目标，因而以基督作为一切正统知识和学习的惟一基础。所有人既看见主赐下智慧，便当在隐密处认真借着祷告寻求他的智慧。”这些校训都是在美国建国前的宗教单一时期定下的。

后来，为符合圣经尊重全人类自由意志但需提供平等的知识受教权发展(学术自由)原则，美国取消了基督宗教的唯一性，以宗教中立取而代之。追求真理和发展科学文化教育的事业逐渐兴旺，哈佛大学校训最终确定为“真理”。