博士学位要求圆满完成高质量的高级研究和原始研究认可计划。 除生物学，认知科学，神经科学，医学工程，医学物理学领域外，博士和ScD学位均由工程学院和科学院所有部门交替授予。
一些专业要求博士生在本校外选修“次要”课程。
以下列出了提供博士学位的课程和项目：
| 项目与专业 | 申请截止日期 |
| 航空航天 | 12月15日 |
| 建筑 | 12月31日 |
| 生物工程 | 12月15日 |
| 生物学 | 12月1日 |
| 脑与认知科学 | 12月1日 |
| 化学工程 | 12月1日 |
| 化学 | 12月15日 |
| 土木与环境工程 | 12月15日 |
| 计算与系统生物学 | 12月1日 |
| 计算科学与工程 | 12月15日 |
| 计算机科学与人工智能 | 12月15日 |
| 地球，大气和行星科学 | 1月5日 |
| 经济学 | 12月15日 |
| 电气工程与计算机科学 | 12月15日 |
| 哈佛麻省理工学院健康科学与技术 | 12月15日 |
| 历史，人类学，科学，技术与社会 | 12月15日 |
| 数据，系统和社会研究所 | 12月15日 |
| 语言学与哲学 | 1月2日 |
| 材料科学与工程 | 12月1日 |
| 数学 | 12月15日 |
| 机械工业 | 12月15日 |
| 媒体艺术与科学 | 12月1日 |
| 微生物学 | 12月1日 |
| 麻省理工学院斯隆博士课程 | 12月15日 |
| 麻省理工学院 - 世卫组织海洋学/应用海洋科学与工程联合计划 | 1月5日 |
| 核科学与工程 | 12月15日 |
| 运营研究中心 | 12月15日 |
| 物理 | 12月15日 |
| 政治学 | 12月15日 |
| 聚合物和软体程序 | 12月15日 |
| 运输 | 12月15日 |
| 城市研究与规划 | 1月3日 |
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